Construido en 1752, de aquella época se conserva la fachada barroca. En su parte superior, dos leones sostienen el escudo de la capital y en los extremos aparecen dos Hércules. A ambos lados de la puerta, dos estatuas simbolizan la Justicia y la Templanza. El edificio recuerda la unión, en 1423, de las tres poblaciones existentes en aquella época: Los burgos de San Cernin, San Nicolás y Navarrería. Junto al Ayuntamiento se encuentra el Archivo Municipal, antiguo seminario de San Juan fundado en 1734.